執筆 補助金に関する紛争・法律問題を主に取り扱う弁護士 岸上 大起(埼玉弁護士会・登録番号63780)
1 自治体の補助金は、交付規則と交付要綱で動いている
国の補助金では、交付決定の取消しに伴って返還を命ぜられたときの「加算金」と、納期日を過ぎたときの「延滞金」が、補助金適正化法という法律に書かれています(補助金適正化法19条)。この国の加算金については、Q&A「補助金の返還を求められたら、加算金・延滞金は払うのか」で述べています。本稿は、都道府県や市区町村が自分の財源で出す補助金に絞ります。
自治体の補助金には、補助金適正化法の適用がありません。本稿が扱うのは、個別の法律や条例ではなく、自治体の補助金等交付規則と補助金ごとの交付要綱だけを根拠に出される補助金です。その場合、交付の根拠として法律に置かれているのは、地方自治法232条の2(「普通地方公共団体は、その公益上必要がある場合においては、寄附又は補助をすることができる。」)です。交付の申請、決定、取消し、返還、加算金といった一連の仕組みは、法律ではなく、各自治体が定める補助金等交付規則と、補助金ごとの交付要綱に書かれています。この点を正面から述べた裁判例として、東京地判令和8年1月29日(令和6年(ワ)第35396号。LLI/DB判例秘書登載。上訴審の帰趨は確認できていません)があります。
引用(東京地判令和8年1月29日)「国による補助金の交付については、その手続等を規定する補助金適正化法の趣旨及び全体の構成に照らし、交付決定が行政行為に当たると解されるが、普通地方公共団体による補助金の交付には補助金適正化法の適用がないから、本件耐震化整備事業補助金の交付に係る法律関係が公法上あるいは私法上のいずれに当たるかについては、個別に具体的制度を見て検討していくほかない。」
東京都を例にとると、土台になるのは東京都補助金等交付規則(昭和37年東京都規則第141号)です。この規則は、4条で「補助金等に関しては、他に特別の定のあるものを除くほか、この規則の定めるところによる。」とし、各補助金の交付要綱は、その冒頭で「東京都補助金等交付規則……に定めるもののほか、この要綱の定めるところによる。」という形で規則につながっています。つまり、自治体の補助金の返還・加算金は、規則と要綱の二層で決まっており、国の補助金の19条とは根拠が別です。「違約加算金」という聞き慣れない名前も、この規則・要綱の用語です。
東京都補助金等交付規則の違約加算金の条は、次のとおりです。
引用(東京都補助金等交付規則20条)「第二十条 第十八条第一項の規定により補助金等の交付の決定の全部または一部の取消をした場合において、補助金等の返還を命じたときは、補助事業者等をしてその命令に係る補助金等の受領の日から納付の日までの日数に応じ、当該補助金等の額(その一部を納付した場合におけるその後の期間については、既納額を控除した額)につき、年十・九五パーセントの割合で計算した違約加算金(百円未満の場合を除く。)を納付させなければならない。」
「2 補助事業者等に対し、補助金等の返還を命じた場合において、補助事業者等がこれを納期日までに納付しなかつたときは、納期日の翌日から納付の日までの日数に応じ、その未納付額につき、年十・九五パーセントの割合で計算した延滞金(百円未満の場合を除く。)を納付させなければならない。」
補助金適正化法19条1項・2項と、作りも率も同じです。年10・95パーセントという数字は、国の補助金の加算金・延滞金の率をそのまま持ち込んだものです。小滝敏之『補助金適正化法解説〔全訂新版(増補第2版)〕』268頁は、国の加算金について、制定当初は「百円につき一日三銭の割合」(日歩三銭)であったものが、利率等の表示の年利建て移行に関する法律(昭和45年法律第13号)により、昭和45年4月1日以後は年10・95パーセントの割合で計算されることになったと説明しています。東京都の規則にも、20条に「昭四五規則一三二・一部改正」の注記があり、同じ時期に改められたことが分かります。
率が高い理由についても、同書268頁は、国の加算金が、一般の契約解除に伴う不当利得返還の場合の法定利息に比べて高いのは、その原因となった義務違反が私法上の負担附贈与契約の債務不履行にとどまらず、公法上の事業遂行義務に違反するものとして制裁に値すると観念されたからであろうとし、加算金は、原状回復に伴う利息返還債務としての性格だけでなく、制裁的賦課金としての意義をあわせもつと述べています。自治体の違約加算金も同じ発想で作られているものと考えております。
2 ある交付要綱の違約加算金・延滞金・充当の順序
実際の交付要綱を一つ見ておきます。東京都産業労働局の私募債(政策課題対応)補助金交付要綱(令和5年6月6日5産労金金第336号。令和8年3月12日7産労金金第1161号による改正後のもの。産業労働局のサイトで公開されています)です。中小企業等が私募債を発行するときの手数料を補助するもので、10条で事情変更による取消しを、16条で不正・目的外使用・条件違反などによる取消しを、17条で返還を定めたうえ、18条に違約加算金と延滞金を、19条と20条にその計算の基礎を置いています。
引用(私募債(政策課題対応)補助金交付要綱18条1項)「第18条 第16条第1項の規定により、この補助金の交付決定の全部又は一部を取り消した場合において、知事が前条第1項の規定により補助金の返還を命じたときは、補助対象事業者は、当該命令に係る補助金の受領の日から納付の日までの日数に応じ、当該補助金の額(一部を返還した場合のその後の期間については、既返還額を控除した額)につき、年10.95パーセントの割合で計算した違約加算金(100円未満の場合を除く。)を納付しなければならない。」
引用(同18条2項)「2 知事が、補助金の返還を命じた場合において、補助対象事業者が定められた納期日までに補助金を納付しなかったときは、補助対象事業者は、納期日の翌日から納付の日までの日数に応じ、その未納付額につき、年10.95パーセントの割合で計算した延滞金(100円未満の場合を除く。)を納付しなければならない。」
同条3項は、年当たりの割合を、閏年の日を含む期間についても365日当たりの割合とする、と定めています。
読み方を、時間の順に並べます。
- 違約加算金の起算日は、「補助金の受領の日」です。返還を命じられた日からではありません。補助金を受け取った日から納付の日までの日数で計算しますので、返還の命令が届いた時点で、既に相当の日数分が積み上がっています。交付から2年後に取消しがされれば、取消しの時点で元本の2割を超える額になります。補助金を複数回に分けて受け取っている場合は、返還を命じられた額は最後の受領の日に受け取ったものとして計算し、その日の受領額を超える分だけ順次さかのぼります(東京都補助金等交付規則21条1項。この要綱には分割交付の場合の定めがありませんので、規則によります)。起算日が後ろにずれる分、違約加算金は小さくなります。
- 延滞金の起算日は、返還の命令で指定された「納期日」の翌日です。納期日までに納付すれば延滞金は生じません。納期日を過ぎると、未納付額について同じ年10・95パーセントで延滞金が加わり、違約加算金と延滞金の両方を負担することになります。
- 一部を納付したときの扱いは、19条と20条に定めがあります。19条は、納付した金額が返還を命じた補助金の額に達するまでは、その納付金額は「まず当該返還を命じた補助金の額に充てるものとする」と定めています。民法の一般の充当の順序では利息が先ですが、ここでは元本が先です。元本が減れば、その後の違約加算金の計算の基礎(既返還額を控除した額)も減りますので、事業者に有利な向きの定めです。20条は、延滞金についても、未納付額の一部が納付されたときは、その翌日以降の延滞金の基礎となる未納付額は納付金額を控除した額によるとしています。
もう一つ、返還を命じられる額の側も見ておく必要があります。この要綱は、取消しに係る部分について既に交付された補助金の返還を命ずる、とだけ定めています(17条1項)。東京都の補助金の交付要綱の中には、交付決定の一部を取り消した場合の返還額について、交付を受けた補助金額から、その補助金額に、補助金の受領の日から取消事由に該当した日までの日数を事業継続義務の期間の日数で除した割合を乗じた額を差し引く、という日割りの按分式を置くものもあります。違約加算金は返還を命じられた額に対して計算されますので、全部取消しか一部取消しかは、元本だけでなく違約加算金の額も左右します。
3 免除のただし書――取消しに至る事由がやむを得ない場合
前記の私募債(政策課題対応)補助金交付要綱18条には、免除の定めがありません。これに対し、東京都の補助金の交付要綱の中には、違約加算金の条に、取消しに至る事由がやむを得ないものであると知事が認める場合には違約加算金を免除することができる、というただし書を置くものがあります。このただし書は、国の補助金の免除の定めと比べると、要件の置き方が違います。
引用(補助金適正化法19条3項)「各省各庁の長は、前二項の場合において、やむを得ない事情があると認めるときは、政令で定めるところにより、加算金又は延滞金の全部又は一部を免除することができる。」
違いは三つあります。
- 何が「やむを得ない」のか。国の19条3項は「やむを得ない事情があると認めるとき」とだけ書いています。小滝・前掲271〜272頁は、これを、間接補助事業者等からの返還金の回収が遅れる場合など、補助事業者等に補助金の利息相当分を負担させるのが酷に失する事情として説明しています。これに対し、このただし書は、取消しに至る事由がやむを得ないものであること、と限定しています。見られるのは、返還が苦しいかどうかではなく、取消しの原因となった事由がやむを得ないものであったかどうかです。要綱に例示はありませんが、天災地変のように、事業者の側に原因のない事由がこれに当たると考えております。
- 免除の対象。国の19条3項は「加算金又は延滞金の全部又は一部」です。このただし書は違約加算金だけを対象とし、延滞金を定める項には及んでいません。納期日を過ぎた分の延滞金は、要綱の文言上、免除の対象になっていないということです。免除を求めるのであれば、納期日の前に動く必要があります。
- 手続。国の補助金では、免除は補助事業者等の申請により行うものとされ、申請書に添える書類まで政令で決まっています(補助金適正化法施行令12条により準用される同令9条)。このただし書を置く要綱に、免除の申請の手続や様式が書かれていないことがあります。「できる」という定めですので、こちらから求めなければ検討されないものと考えておくべきです。
なお、東京都補助金等交付規則20条には、免除の定めがありません。免除は、規則ではなく、要綱が独自に置いた仕組みです。したがって、要綱に免除のただし書がない補助金では、違約加算金の免除を求める根拠は、要綱の文言からは出てきません。前記の私募債(政策課題対応)補助金交付要綱も、この型です。お手元の要綱に、このただし書があるかどうかが、最初の分かれ目です。
免除のただし書を置く要綱では、違約加算金の免除の手前に、二つの「やむを得ない」が置かれていることがあります。一つは事業継続義務の条で、複数年度にわたる事業の継続を義務付けたうえ、知事がやむを得ないと認める場合はこの限りでない、とするものです。この場合に当たれば、事業継続義務の違反そのものが成立しませんので、取消しも返還も違約加算金も生じません。もう一つは返還の条で、取消しの場合に返還しなければならないとしたうえで、知事がやむを得ないと認める場合はこの限りでない、と定めるものです。返還そのものの免除です。返還が免除されれば、返還の命令を前提とする違約加算金も生じません。やむを得ない事由があるのであれば、まず義務違反の成立を争い(事業継続義務の条のただし書)、それが通らなければ返還の免除(返還の条のただし書)、最後に違約加算金の免除(違約加算金の条のただし書)、という順に求めることになると考えております。
次のような場合は、納期日が来る前にご相談ください
- 県や市の補助金について、交付決定の取消しと返還の命令を受け、違約加算金の納付も求められている
- 取消しの原因が天災地変など、自分の側に落ち度のない事由である
- 要綱に免除の定めがあるかどうか、どう申し出るのかが分からない
国の補助金の加算金については、こちらをご覧ください: 補助金の返還を求められたら、加算金・延滞金は払うのか(Q&A)/補助金の返還命令を放っておくとどうなるのか(Q&A)
4 手元の要綱の加算金の条を、どう読むか
自治体の補助金で違約加算金を求められたときに、要綱を手に取って確かめる点を、順に挙げます。
(1)どの取消しに結び付いているか
東京都補助金等交付規則20条1項は、違約加算金が生じる場面を「第十八条第一項の規定により」取消しをした場合に限っています。18条1項は、不正の手段、他の用途への使用、条件・法令違反という、補助事業者等の側に原因がある取消しです。事情変更による取消し(同規則10条)は、ここに入っていません。国の補助金でも、小滝・前掲268頁は、事情変更による取消しや瑕疵ある交付決定の取消しの場合は加算金納付の義務を負わないと説明しています。
要綱の側は、この結び付きを規則と同じに書いているものと、規則より広く書いているものがあります。前記の私募債(政策課題対応)補助金交付要綱は、違約加算金を「第16条第1項の規定により」取り消した場合に限り(18条1項)、事情変更による取消し(10条)に伴う返還には違約加算金を付けていません。規則20条1項と同じ組立てです。これに対し、同じ産業労働局のSDGsファイナンス促進支援事業補助金(個人を預金者として対象に含むSDGs預金)交付要綱(令和8年7月1日8産労総国第149号)は、「天災地変その他補助金の交付決定後に生じたやむを得ない事情により、補助対象事業の全部又は一部を継続できなくなった場合」を取消事由の一つに置き(16条1項5号)、その取消しによる返還を含めて、「前条に規定する返還請求を行ったときは」違約加算金の支払いを命じるものとしています(18条1項)。文言どおりに読めば、天災地変による取消しに伴う返還にも違約加算金が付くことになります。
ここで、規則との関係が問題になります。規則4条は「他に特別の定のあるものを除くほか」この規則によると定めていますので、自治体の側からは、要綱の違約加算金の条こそが「特別の定」であり、規則20条1項の限定は及ばない、という説明が返ってくることが考えられます。これに対しては、二つのことを言う余地があります。第一に、規則が違約加算金を義務違反の取消しに限った趣旨です。違約加算金は制裁的賦課金の性格をあわせもつものであり(前記1)、事業者の側に原因のない取消しに制裁を課す理由はありません。要綱が、その趣旨を外してまで事情変更の取消しに違約加算金を付ける意図で書かれたものかは、疑問があります。第二に、事情変更による取消しは、天災地変など事業者に帰責性のない事由によるものですので、免除のただし書を置く要綱であれば、少なくとも、取消しに至る事由がやむを得ない場合に当たると考える余地があります。要綱を契約に付随する約定と見る立場(後記5)に立っても、約定の合理的な解釈として同じ結論になると考えております。お手元の要綱で、加算金の条がどの取消しの条を引いているかを見てください。
(2)全部取消しか、一部取消しか
違約加算金は、返還を命じられた額に対して計算されます。取消しが全部に及ぶのか一部にとどまるのかは、元本だけでなく違約加算金の額をそのまま動かします。取消しが全部にわたるべきものかどうかは、自治体の補助金でも、国の補助金と同じように問題になります。この点は、Q&A「補助金の交付決定の取消しに裁量はあるのか」で述べています。
(3)免除のただし書の有無と、その要件
前記3のとおりです。ただし書があれば、取消しに至る事由がやむを得ないものであったことを、書面で示して免除を求めます。取消しの原因が自分の側の落ち度ではないことを裏付ける資料(罹災の証明、自治体とのやり取りの記録など)を添えます。免除が「できる」という裁量の定めである以上、求めた記録を残しておくこと自体に意味があります。
(4)受領の日、納期日と、払うときの順序
違約加算金の起算日は受領の日ですので、補助金が何回に分けて、いつ入金されたかを確かめます。複数回に分けて受け取っていれば、起算日は最後の受領の日からさかのぼる形になります(前記2)。延滞金は納期日の翌日から生じ、免除の対象に入っていないことが多いので、争う場合でも納期日は意識しておく必要があります。元本を先に納付すれば、充当の定め(前記2)により違約加算金の計算の基礎が減ります。争いながら一部を納める、という選択をする場合は、この順序を前提に組み立てることになります。
(5)強制徴収の定めがあるか
国の補助金では、返還を命じた補助金と加算金・延滞金を国税滞納処分の例により徴収できるとされています(補助金適正化法21条1項)。東京都補助金等交付規則には、この定めがありません。あるのは、未納付の場合に同種の補助金の交付を一時停止し、又は未納付額と相殺するという定め(同規則23条)です。自治体が自ら差押えに進めるかどうかは別の問題で、Q&A「補助金の返還命令を放っておくとどうなるのか」の第5節で述べています。
5 違約加算金を争う場はどこか
自治体の補助金の交付決定の取消しが行政処分なのか、契約の解除なのかは、補助金ごとに判断が分かれています。前記の東京地判令和8年1月29日は、要綱は「事務執行上の内部的な定めにすぎない」として、補助金の交付を私法上の贈与契約又は負担付贈与契約と見たうえ、要綱の定めはその契約に付随する約定であるとしました。同判決は、東京都補助金等交付規則の一時停止・相殺の定め(23条)についても、「契約に係る権利義務関係の管理を行う契約当事者の立場とも必ずしも矛盾せず」、私的自治の範囲内と理解することが可能であるとしています。この見方では、違約加算金も、契約に付された約定に基づく金銭ということになります。
要綱が内部的な定めにすぎないというのであれば、違約加算金の定めが、交付決定通知書の条件として事業者に示され、受け入れられていたかどうかを確かめることになります。取り込まれていないのであれば、約定としての拘束力を争う余地があります。規程や要綱に書いてあるだけの定めが事業者を縛るのかという問題は、Q&A「交付規程に違反したと言われたら――交付規程を守ることは『補助条件』なのか」で述べています。
東京地判令和7年8月5日(令和5年(行ウ)第475号。上訴審の帰趨は確認できていません)も、東京都の補助金の交付決定の取消しを贈与契約の約定解除と位置付けた事案で、事業者が返還の命令に応じて元本と確定違約加算金を納付したうえで、取消し(約定解除)が無効であるとして、納付した元本と違約加算金の合計額の不当利得返還を求めたものです。取消しが契約の解除だとすれば、争う場は民事訴訟(払った後であれば不当利得返還請求、払う前であれば債務不存在確認)になり、解除が無効であれば、違約加算金もその前提を失います。
他方で、交付決定の取消しに処分性が認められる補助金であれば、取消訴訟で争うことになり、出訴期間(原則として処分を知った日から6か月。行政事件訴訟法14条1項)が問題になります。どちらの筋道になるかは、要綱の作り(不服申立ての手続、強制徴収の定めの有無など)によります。この見分け方は、コラム「補助金の交付決定や取消しが『処分ではない』と言われたら」で述べています。処分か契約かの判断が分かれている以上、期間のある取消訴訟を先に出し、予備的に返還債務(違約加算金・延滞金を含みます)の不存在確認を併せる形が安全だと考えております。いずれの筋道でも、違約加算金は日数に応じて増え続けますので、取消しそのものを争うかどうかの判断は、早い段階でする必要があります。
都道府県・市区町村の補助金について、交付決定の取消しと返還を命じられ、違約加算金の納付も求められている事業者の方、顧問先・支援先からこのようなご相談を受けている中小企業診断士・行政書士・税理士の先生方は、納期日が来る前にご相談ください。交付決定通知書、取消通知書、返還の命令の書面、交付要綱があれば、免除のただし書の有無と、取消しそのものを争う筋道を具体的に検討できます。
根拠(条文・公式資料・裁判例)
- 地方自治法232条の2
- 補助金適正化法19条1項〜3項、21条1項(対照)
- 東京都補助金等交付規則(昭和37年東京都規則第141号)4条、10条、18条1項、19条、20条、21条、22条、23条
- 私募債(政策課題対応)補助金交付要綱(令和5年6月6日5産労金金第336号。令和8年3月12日7産労金金第1161号による改正後のもの。東京都産業労働局のサイトで公開。2026年11月5日閲覧)10条、16条、17条、18条、19条、20条
- SDGsファイナンス促進支援事業補助金(個人を預金者として対象に含むSDGs預金)交付要綱(令和8年7月1日8産労総国第149号。東京都産業労働局のサイトで公開。2026年11月5日閲覧)16条、17条、18条(事情変更による取消しに伴う返還にも違約加算金の条が及ぶ書き方の例として)
- 小滝敏之『補助金適正化法解説〔全訂新版(増補第2版)〕』268頁(加算金の率の沿革と制裁的賦課金としての性格・事情変更による取消しには加算金が付かないこと)、271〜272頁(19条3項の免除の趣旨と申請の手続)
- 東京地判令和8年1月29日(令和6年(ワ)第35396号。LLI/DB判例秘書登載。上訴審の帰趨は確認できていません)
- 東京地判令和7年8月5日(令和5年(行ウ)第475号。LLI/DB判例秘書登載。上訴審の帰趨は確認できていません)
- 東京地判令和3年5月13日(令和2年(行ウ)第83号。東京都の交付要綱の違約加算金の定めが現れた例として)、東京地判令和4年4月14日(令和2年(行ウ)第107号・令和3年(行ウ)第195号。規則20条の違約加算金・延滞金が請求された例として)(いずれもLLI/DB判例秘書登載。上訴審の帰趨は確認できていません)
- 行政事件訴訟法14条1項
※ 交付規程は補助金ごと・公募回ごとに版が異なります。条数と文言は、お手元の交付決定通知書に記載された交付規程でご確認ください。
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※ 本ページは一般的な法的整理を示すものであり、個別の事案についての結論を保証するものではありません。