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弁護士 岸上大起
相談

計画変更の承認申請が事後になってしまいました。公式のよくあるご質問には「（事後承認はできません。）」「原則、事後の申請は認められません」と書かれていますが、もう手遅れなのでしょうか

このページの結論

補助事業の計画変更について、承認申請を出す前に設備の仕様と発注先を変えてしまいました。後から承認が要ることに気づいて公式のよくあるご質問を見たところ、「（事後承認はできません。）」「原則、事後の申請は認められません」と書かれていました。もう手遅れで、返還になるのでしょうか。

「あらかじめ承認を受けなければならない」という点は、交付規程がそのとおり定めています。もっとも、交付規程が定めているのは事業者の側の義務であって、期限を過ぎた申請を交付主体が受理してはならない、あるいは承認をしてはならないとは定めていません。中小企業等事業再構築促進補助金（新市場進出）交付規程の全文（様式を含みます）をテキストにして機械で検索したところ、「事後」という語の出現は０件でした。他方、同交付規程１２条２項は「中小機構は、前項の承認をする場合において、必要に応じ交付の決定の内容を変更し、又は条件を付することができる。」と定めており、承認は交付決定の内容を変更する権限の行使として位置づけられています。申請が遅れた場合に問われるのは、権限の有無ではなく、権限を行使するかどうかの判断です。

公式の記述自身が揃っていません。同じ「よくあるご質問」の同じカテゴリの中で、Ｎｏ．４は「（事後承認はできません。）」、Ｎｏ．１４は「※事後の申請……は認められません。」と例外のない形で書き、Ｎｏ．５は「原則、事後の申請は認められません。」と「原則」を入れています。もっとも、あらかじめ申請することは交付規程が定めた義務であり、遅れたこと自体は交付規程に違反したという評価を受け得る事実です。遅れたからもう何もできない、という結論が条文から出てくるわけではない、ということです。

執筆　補助金に関する紛争・法律問題を主に取り扱う弁護士 岸上 大起（埼玉弁護士会・登録番号63780）

１　公式の説明――「（事後承認はできません。）」「原則、事後の申請は認められません」

計画変更の承認申請が後になってしまった、というご相談は少なくありません。設備の仕様を変えた、発注先を変えた、実施場所を変えた、その後で承認申請が要ることに気づいた――という順序です。そこで公式の「よくあるご質問」を見ると、次の記述に当たります（以下、公式資料の閲覧日はいずれも２０２６年１０月２３日です）。

引用（事業再構築補助金「よくあるご質問」Ｎｏ．４）「交付決定後においては、補助事業計画変更の承認申請が必要となる場合があります。購入する建物、機械装置等、経費配分等にも変更が生じる場合等（交付規程第１２条に記載の変更内容の場合）は、Jグランツから「様式第３－１ 補助事業計画変更（等）承認申請書」と共に、新旧の見積書等、取引に関する証憑等を事務局に提出し、あらかじめ計画変更の承認を受けてください。（事後承認はできません。）」
出典：事業再構築補助金「よくあるご質問」Ｎｏ．４（faq0050）
引用（同Ｎｏ．５）「「交付規程」第１２条に記載されている事項に当てはまる場合には、あらかじめ承認申請を行い、承認を受ける必要があります。原則、事後の申請は認められません。なお、本事業では、応募申請時の事業計画内容の審査を経て補助金交付候補者の採択を決定するものであり、成果目標、事業の主旨・目的等が変更される計画変更は認められません。」
出典：事業再構築補助金「よくあるご質問」Ｎｏ．５（faq0051）
引用（同Ｎｏ．１４）「※事後の申請、交付決定前の事業承継は認められません。」
出典：事業再構築補助金「よくあるご質問」Ｎｏ．１４（faq0061）

同じ言い回しは、別の補助金の資料にもあります。ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金の「補助事業の手引き」（２３次締切。２０２６年８月７日）の１１頁（ＰＤＦ１２頁）「（５）計画の変更等（交付規程第１０条）」は、計画変更・中止（廃止）・事業承継の三つについて、いずれも同じ括弧書きを置いています。

引用（同手引き１１頁「①変更承認の申請」）「事業実施の必要上、やむを得ず補助事業の計画、購入する機械設備、補助事業実施場所、機械装置等の保管場所、経費配分等に変更が生じる場合は、予め「様式第３－１ 補助事業計画変更承認申請書」を事務局に提出し、計画変更の承認を受けなければなりません。（事後承認はできません。）」

こう書かれていれば、もう手遅れだと受け取るのが自然です。承認を取れないのであれば、額の確定で落とされるか、取消しと返還になるのだろう――と読むことになります。

結論から申し上げます。「あらかじめ承認を受けなければならない」は、交付規程がそのとおりに定めています。ここは争う余地がありません。しかし、「事後承認はできません」という断定が、交付規程の定めから出てくるわけではありません。以下、順に確かめます。

２　交付規程には、「事後」という語が一度も出てきません

公式の説明が根拠として挙げているのは、交付規程１２条です。そこで、中小企業等事業再構築促進補助金（新市場進出）交付規程（令和３年６月１５日規程令３第１３号。規程令７第５号による改正までのもの）の１２条１項を引きます。

引用（同交付規程１２条１項柱書。同規程４頁。ＰＤＦ５頁）「補助事業者は、次の各号のいずれかに該当するときは、あらかじめ様式第３－１、様式第３－２又は様式第３－３のいずれかによる承認申請書を中小機構に提出し、その承認を受けなければならない。」

定めているのは、事業者の側の義務です。あらかじめ承認申請書を提出し、承認を受けなければならない――という形です。中小機構の側について、期限を過ぎた申請を受理してはならない、あるいは承認をしてはならないと定めた条項は、置かれていません。

念のため、交付規程の全文（様式を含みます）をテキストにして機械で検索しました。「事後」という語の出現は、０件です。「増額」も０件です。ものづくり補助金の交付規程（制定令和７年２月２５日。最終改訂令和８年８月５日）についても、本文及び別紙を同じように検索しましたが、「事後」は０件でした。

つまり、「事後承認はできません」という一文は、交付規程を言い換えたものではありません。交付規程の「あらかじめ……承認を受けなければならない」という義務の定めを、事務局の側が「できない」という権限の不存在に読み替えて書いたものです。義務違反があったことと、行政庁がもはや承認をする権限を持たないことは、別のことです。

私見としては、申請が遅れたという一事で承認の権限そのものが消えると読むのは、交付規程の文言を離れていると考えております。

３　１２条２項――承認は、交付決定の内容を変更する権限の行使です

交付規程１２条には、２項が置かれています。ここが、この問題の中心だと考えております。

引用（同交付規程１２条２項。同規程５頁。ＰＤＦ６頁）「中小機構は、前項の承認をする場合において、必要に応じ交付の決定の内容を変更し、又は条件を付することができる。」

ものづくり補助金の交付規程（制定令和７年２月２５日。最終改訂令和８年８月５日）１０条２項も、名宛人が全国中小企業団体中央会になるだけで、同じ内容です。「全国中央会は、前項の承認をする場合において、必要に応じ交付決定の内容を変更し、又は条件を付することができる。」とされています。

読み取れることは、二つです。第一に、計画変更の承認は、交付決定という行政処分の内容を変更する権限の行使として位置づけられています。第二に、その際に条件を付すこともできるとされています。「することができる」という定め方ですので、するかしないかは交付主体の判断に委ねられています。

そうしますと、申請が遅れた場合に問われるのは、権限の有無ではなく、権限を行使するかどうかの判断になります。遅れた申請について承認をしないという判断があり得ることは、否定しません。しかし、それは個別の事情を見て決めることであって、「事後承認はできません」と一律に宣言できる筋のものではないと考えております。

加えて、承認が不要な変更まで含めて不安にさせている点も申し上げておきます。交付規程１２条１項１号は「各配分額の１０パーセント以内の流用増減」を除いており、同項３号ただし書は次の二つを軽微な変更として承認の対象から除いています。

引用（同交付規程１２条１項３号ただし書。同規程４頁。ＰＤＦ５頁）「（３）補助事業の内容を変更しようとするとき。ただし、次に掲げる軽微な変更を除く。／（ア）補助目的に変更をもたらすものではなく、かつ、補助事業者の自由な創意により、より能率的な補助目的達成に資するものと考えられる場合／（イ）補助目的及び事業能率に関係がない事業計画の細部の変更である場合」（※原文は改行で区切られています。引用に当たり「／」で区切りました。）

「事後承認はできません」という一文だけを読んだ事業者は、そもそも承認の要らない変更についてまで、違反があったのではないかと考えることになります。この線引きは、Q&A「補助事業の計画をどこまで変えたら承認が要るのか」で頁つきで整理していますので、そちらをご覧ください。

４　「原則」なのか、絶対的な禁止なのか――公式の説明が揃っていません

前記１の三つの引用を、並べて読んでいただきたいと思います。同じ「よくあるご質問」の、同じカテゴリ（「補助金交付候補者の採択後の手続きについて」）の中にあるものです。

  • Ｎｏ．４は「（事後承認はできません。）」と書いています。例外のない形です。
  • Ｎｏ．５は「原則、事後の申請は認められません。」と書いています。「原則」が入っています。
  • Ｎｏ．１４は「※事後の申請……は認められません。」と書いています。ここでも「原則」はありません。

「原則」という語が入るかどうかは、読む人にとって決定的な違いです。原則であれば、例外があることになります。例外があるのなら、自分の事情がその例外に当たるかどうかを考え、資料を付けて申請する意味があります。例外がないのであれば、申請するだけ無駄だということになります。

同じ事務局が、同じ頁の中で、片方では「原則」と書き、片方では例外のない形で書いています。どちらが運用なのかは、この記述からは分かりません。そして、交付規程には、前記２のとおり「事後」の語がありません。原則の例外がどこにあるのかを示した定めも、見当たりません。

私見としては、この書き方は、交付規程１２条２項が中小機構に与えた権限の性質を正確に伝えていないと言わざるを得ません。事業者に求められる義務（あらかじめ申請すること）は、そのとおり書けばよいことです。それを超えて、交付主体の権限が消滅するかのように書くことは、交付規程の定めを超えていると考えております。

５　申請が遅れたことから、取消しと返還が自動的に出てくるわけではありません

ご相談で多いのは、「事後承認はできない」と言われたことが、そのまま「取消しになる」「返還になる」という不安につながっている形です。条文の建てつけを確かめます。

引用（補助金適正化法１７条１項）「各省各庁の長は、補助事業者等が、補助金等の他の用途への使用をし、その他補助事業等に関して補助金等の交付の決定の内容又はこれに附した条件その他法令又はこれに基く各省各庁の長の処分に違反したときは、補助金等の交付の決定の全部又は一部を取り消すことができる。」

「取り消すことができる」という定め方です。違反があれば当然に取消しになるという定めではありません。本補助金について同法が及ぶのは、中小機構法１６条による準用です。交付規程の側も、同じ建てつけです。

引用（同交付規程２２条１項柱書。同規程６頁。ＰＤＦ７頁）「中小機構は、第１２条第１項第４号の補助事業の全部若しくは一部の中止若しくは廃止の申請があった場合又は次の各号のいずれかに該当する場合には、第９条第１項の交付の決定の全部若しくは一部を取り消し、又は変更することができる。」

そして、返還命令は、取消しを前提とします。同交付規程２２条２項は「中小機構は、前項の取消しをした場合において、既に当該取消しに係る部分に対する補助金が交付されているときは、期限を付して当該補助金の全部又は一部の返還を命ずる。」とします。文献も、同じ構造を説いています。

引用（小滝敏之『補助金適正化法解説〔全訂新版（増補第２版）〕－補助金行政の法理と実務－』２５８頁（株式会社全国会計職員協会、２０１６））「以上の交付決定取消し権の行使及び既交付補助金等の存在という二要件を充たす場合、交付行政庁は「その返還を命じなければならない。」すなわち、交付行政庁は補助金等返還命令を発出する義務を負う。」

返還義務が生じるには、交付決定取消し権の行使と既交付補助金等の存在という二つが要ります。申請が後になったという事実から、取消しと返還が当然に導かれる構造ではありません。取消しの判断がどこまで自由なのかは、Q&A「補助金の交付決定の取消しに裁量はあるのか」で述べています。法が取消しの前に置いた段階的な手段は、コラム「補助事業の実施の状況を調べないまま交付決定を取り消すことは許されるのか」で述べています。

６　公式の説明は、一方当事者の見解です

中小機構・中小企業庁・各事務局の説明は、公正な第三者による解説ではなく、補助金をめぐる紛争の一方当事者の見解です。通説が説いていない立場を強く主張しているものもあります。公式の説明だからと鵜呑みにするのは非常に危険です。

本件について申し上げれば、次のとおりです。交付規程１２条１項は、事業者があらかじめ承認申請書を提出して承認を受けるべきことを定めています。同条２項は、承認に際して交付決定の内容を変更し、条件を付することができるという権限を交付主体に与えています。交付規程の全文に「事後」という語はありません。それにもかかわらず、公式の説明は「（事後承認はできません。）」と断定し、別の問では「原則、事後の申請は認められません」と書いています。

もっとも、ここで申し上げているのは、あらかじめ申請しなくてよい、ということではありません。あらかじめ申請することは交付規程が定めた義務であり、遅れたこと自体は、交付規程に違反したという評価を受け得る事実です。申し上げているのは、遅れたからもう何もできない、という結論が条文から出てくるわけではないということです。公式の説明に書かれていないことは、ないことと同じではありません。

次のような場合は、事務局にご回答される前にご相談ください

  • 計画変更の承認申請を出さないまま、設備・発注先・実施場所を変えてしまった
  • 「事後承認はできないので返還になる」と言われている
  • 承認申請を出したところ、受け付けられないと言われた
いまの状況を相談する →お電話：070-3618-5126（受付：平日10:00〜18:00、出られないときは折り返します）

関連ページ： 補助事業の計画をどこまで変えたら承認が要るのか――「軽微な変更」（Q&A）／補助事業の実施の状況を調べないまま交付決定を取り消すことは許されるのか（コラム）

７　承認申請が事後になってしまったら

公式の説明を前にして何もしないことが、いちばん不利になります。順序としては、次のように考えております。

  • （１）そもそも承認が要る変更なのかを先に分ける。交付規程１２条１項１号は各配分額の１０パーセント以内の流用増減を除いており、同項３号ただし書は（ア）（イ）の軽微な変更を除いています。承認が要らない変更であれば、申請が遅れたという前提そのものが成り立ちません。変更の前後を、見積書・仕様書・図面などで並べて確かめてください。
  • （２）承認が要る変更であれば、遅れていても申請を出す。交付規程１２条２項は、承認に際して交付決定の内容を変更し、条件を付することができると定めています。遅れた申請を受理できないという定めは、交付規程にはありません。出さないままにしておけば、変更の内容が交付決定の内容と食い違っている状態が続くだけです。申請書には、変更が必要になった事情、気づいた時期、気づいてからの対応を、時間の順に書いてください。
  • （３）変更後の計画が補助目的に適合していることを、資料で示す。交付規程１２条１項３号ただし書（ア）は、「補助目的に変更をもたらすものではなく、かつ、補助事業者の自由な創意により、より能率的な補助目的達成に資するものと考えられる場合」を軽微な変更としています。この考え方は、承認を要する変更についても、承認するかどうかの判断の筋として働くと考える余地があります。成果目標・事業の主旨・目的が変わっていないことを、申請の側から示してください。
  • （４）「事後承認はできない」と言われたら、根拠の条項を聞く。交付規程のどの条項によるものなのかを、書面でお尋ねになるのがよいと考えております。前記２のとおり、交付規程に「事後」の語はありません。やり取りは、メール・通知書の形で残してください。記録の残し方は、Q&A「事務局とのやり取りが申請システムの中にしかない――記録はどう残すのか」で述べています。
  • （５）取消しの通知が来る前に動く。取消しの前には、弁明の機会が置かれることがあります。この段階で出すものが、後の判断の土台になります。Q&A「交付決定取消しの事前通知が届いたら」をご覧ください。

なお、補助事業を続けられなくなって中止・廃止の承認申請をされる場合も、「（事後承認はできません。）」という同じ括弧書きが付いています。この場面は、Q&A「補助事業を途中でやめたい・縮小したいとき、補助金はどうなるのか」と、自分に落ち度がない場合についてQ&A「自分に落ち度がないのに補助事業を続けられなくなった」で述べています。

計画変更の承認申請を出さないまま設備・発注先・実施場所を変えてしまった事業者の方、「事後承認はできないので返還になる」と言われている方、承認申請を出したところ受け付けられないと言われた方、顧問先・支援先からこのようなご相談を受けている中小企業診断士・行政書士・税理士の先生方は、事務局にご回答される前にご相談ください。交付決定通知書、交付規程、変更の前後の見積書・仕様書、事務局から受け取った書面があれば、具体的な検討ができます。

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※ 交付規程は補助金ごと・公募回ごとに版が異なります。条数と文言は、お手元の交付決定通知書に記載された交付規程でご確認ください。

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